Auen bilden sich in den Kontaktzonen zwischen festem Land und dem Wasser von Bächen, Flüssen oder Seen. Die Wasserläufe suchen sich ständig neue Wege, wechseln ihre Richtung und treten bei Hochwasser zeitweise über die Ufer. Die Auen sind somit durch den Wechsel von Überschwemmung und Niedrigwasser, von Erosion und Sedimentation einer dauernder Veränderung unterworfen. Diese Dynamik generiert ein Mosaik von äusserst vielfältigen Lebensräumen: Wasserläufe, Altläufe, Sandbänke, Kiesinseln, Pionierpflanzen-Gesellschaften, Weidengebüsch oder -bäume sowie dichte, undurchdringliche Wälder. Seit 1850 sind 70% der Auen zerstört worden. Sie beherbergen auf ihren Kleinstflächen dennoch etwa ein Drittel der heimischen Pflanzen- und Tierarten.

Das Bundesinventar der Auengebiete von nationaler Bedeutung enthält 283 Objekte mit einer Gesamtfläche von ungefähr 226 km² (Stand 2015). In den Alpen finden sich oberhalb der Waldgrenze Gletschervorfelder – Flächen, die durch den Rückzug der Gletscher freigelegt wurden – und alpine Schwemmebenen. In den tieferen Lagen des Jura, des Mittellandes und der Alpen (bis ca. 1800 m) sind vor allem die Auengebiete entlang von Flussläufen im Inventar enthalten, aber auch einige Flussdeltas und Seeufer.

Viele der nationalen Auengebiete wurden durch menschliche Aktivitäten verändert. Um diese Beeinträchtigungen zu minimieren, wurde der Bundesbeschluss zum Schutz der Auengebiete von nationaler Bedeutung am 15. November 1992 durch den Bundesrat in Kraft gesetzt.