La Suisse compte six diocèses (Bâle, Lausanne-Genève-Fribourg, Sion, Lugano, Coire, St-Gall) et deux abbayes territoriales (St-Maurice et Einsiedeln). Contrairement à ce qui se pratique dans de nombreux autres pays, les diocèses suisses ne sont pas regroupés en province ecclésiastique mais dépendent directement du St-Siège. Ils collaborent toutefois au niveau national, au sein de la Conférence des évêques suisses (CES). La CES a été fondée en 1863 et elle a été la première assemblée d'évêques nationale au monde à se réunir régulièrement. Les grands diocèses suisses sont constitués de régions diocésaines et tous sont organisés en décanats, respectivement vicariats regroupant plusieurs paroisses voisines.
Son système dual est caractéristique d’une grande partie de l’Eglise catholique romaine en Suisse. Ses organes se répartissent en deux domaines ayant chacun ses tâches spécifiques. À côté des instances canoniques (diocèses, paroisses) qui s’occupent d’abord des questions de conduite de l’Eglise, de pastorale, de l’annonce de l’Evangile et des sacrements, il existe des organes de droit ecclésiastique public (communes et corporations cantonales ecclésiastiques) qui se chargent surtout des questions administratives, des finances et de la gestion des biens fonciers et immobiliers.

Diocèse de Bâle
Le premier siège de l’évêque de Bâle était situé à Augusta Raurica (Kaiseraugst). Dans cette ville s’est établie, dans la première moitié du IVe siècle, l’une des plus anciennes communautés chrétiennes sur le territoire de l’actuelle Suisse. Le siège épiscopal s’est ensuite déplacé à Bâle à l’époque carolingienne. Au Moyen Âge, Bâle devient le centre spirituel et religieux de la Haute-Alsace. La ville joue un rôle ecclésiastique important à la fin du Moyen Âge avec le concile de réforme (1431–1449) auquel elle doit son université. Suite au début de la Réforme, l’évêque transfère en 1527 sa résidence de Bâle au château des princes-évêques de Porrentruy. Le chapitre cathédral reste quant à lui à Bâle. Deux ans plus tard, les chanoines et chapelains qui ne sont pas passés à la Réforme s’installent à Fribourg-en-Brisgau, ville catholique. À partir de cette date, Bâle ne sera plus jamais siège de l’évêque et du chapitre cathédral. En 1679, l’évêque et le chapitre décident de bâtir une nouvelle résidence à Arlesheim. Lorsque la révolution française éclate en 1789, ils doivent fuir Arlesheim et partir en exil. Suite au Concordat de 1828 entre Bâle, Lucerne, Soleure et Zoug et le pape, le diocèse de Bâle est réorganisé et son siège épiscopal installé à Soleure.

Diocèse de Lausanne, Genève et Fribourg
Le siège épiscopal réunit à Fribourg les territoires devenus suisses des diocèses de Lausanne et Genève datant de l’Antiquité tardive. L’ancien diocèse de Lausanne trouve son origine dans la ville romaine d’Aventicum. Vers la fin du Ve siècle, l’évêque transfère son siège à Lausanne. Le territoire du diocèse, qui s’étend de Nyon à Soleure, est d’abord placé sous l’autorité supérieure des évêques de Lyon puis de ceux de Besançon. Les origines de l’ancien diocèse de Genève remontent au IVe siècle. Au début, le diocèse de Genève dépendait de l’archidiocèse de Vienne. À l’époque de la Réforme, les évêques doivent fuir Genève et Lausanne pour se réfugier en Savoie. En 1613, l’évêque de Lausanne s’installe à Fribourg. Suite à l’intégration de Genève dans la Confédération en 1815, les territoires de l’ancien diocèse de Genève appartenant désormais à la Suisse sont rattachés au diocèse de Lausanne.

Diocèse de Sion
Le diocèse de Sion est né de l’ancien diocèse d’Octodurus, datant de l’Antiquité tardive, qui comprenait aussi des territoires du futur diocèse de Lausanne. Initialement, le siège épiscopal était situé à Martigny. Au VIe siècle, le diocèse transfère son siège à Sion.

Diocèse de Lugano
Du point de vue ecclésiastique, le Tessin appartient jusqu’en 1888 aux diocèses de Côme et Milan. Le Tessin est d’abord resté subordonné au diocèse de Bâle en tant qu’administration apostolique car l’interdiction de fonder de nouveaux diocèses était ancrée dans la Constitution fédérale suisse. Ce n’est qu’en 1971 que l’administration apostolique a été officiellement détachée du diocèse de Bâle et que le nouveau statut de diocèse a été acté.

Diocèse de Coire
Le diocèse de Coire a probablement été fondé au IVe siècle sur le territoire de la Rhétie. Sur le plan ecclésiastique, le diocèse de Coire appartient au début à l’archidiocèse de Milan. Entre 843 – date de la division de l’Empire franc – et 1803, il dépend de l’archidiocèse de Mayence et donc directement du pape. Au Moyen Âge, l’évêque de Coire contrôle, en tant que seigneur temporel, prince-évêque du Saint-Empire romain germanique, de larges territoires des Grisons actuels, Chiavenna, Bormio et le val Venosta. À ce titre, il est en confrontation permanente avec ses ministériaux d’une part et les seigneuries concurrentes d’autre part. Au XIVe siècle, les comtés de Chiavenna et Bormio sont perdus au profit de Milan, suivis par le val Venosta et une partie du Vorarlberg. En 1819, le diocèse de Coire est chargé de l’administration provisoire d’Obwald et Nidwald, de parties d’Uri, de Schwytz, Glaris et Zurich qui appartenaient à l’ancien diocèse de Constance. Le nouveau diocèse de Coire-Saint-Gall est créé en 1823 par bulle pontificale; le diocèse de Saint-Gall s’en détachera en 1847.

Diocèse de Saint-Gall
Du point de vue ecclésiastique, la Suisse du nord-est et du sud-ouest était rattachée au diocèse de Constance jusqu’à ce que ces territoires se séparent de Constance en 1814. Suite à cette séparation, le diocèse de Coire-Saint-Gall est fondé en 1823, contre l’avis de Saint-Gall. Afin de mettre un terme à une querelle qui a duré des années, un vicariat apostolique est créé pour Saint-Gall, et donnera naissance au diocèse de Saint-Gall en 1847.

Archidiocèse de Vaduz
L’archidiocèse de Vaduz est fondé en 1997. Auparavant, cette circonscription faisait partie du diocèse de Coire en tant que décanat du Liechtenstein.

Abbaye de Saint-Maurice
Le monastère de Saint-Maurice est érigé en 515 à l’emplacement de la sépulture de Saint-Maurice. Il est considéré comme le plus ancien monastère d’Occident resté en activité sans interruption. L’abbaye, avec les paroisses de Saint-Maurice, Vernayaz, Salvan et Finhaut, a le statut d’abbaye territoriale.

Abbaye d’Einsiedeln
À l’origine, le monastère fondé en 934 appartenait au diocèse de Constance. Suite à la dissolution de celui-ci, le monastère est rattaché au diocèse de Coire, provisoirement en 1819 puis définitivement en 1824. Depuis 1907, l’abbaye a le statut d’abbaye territoriale et ne dépend plus d’aucun diocèse.

Saint-Gingolph (VS) est la seule paroisse suisse à dépendre d’un diocèse étranger, celui d’Annecy.