In Svizzera esistono sei diocesi (Basilea, Losanna-Ginevra-Friburgo, Sion, Lugano, Coira, San Gallo) e due abbazie territoriali (St. Maurice, Einsiedeln). A differenza di quanto accade in molti altri paesi, le diocesi svizzere non fanno parte di una provincia ecclesiastica, ma dipendono direttamente dalla Santa Sede. La collaborazione tra le diocesi a livello nazionale si svolge in seno alla Conferenza dei vescovi svizzeri (CVS), che all'epoca della sua fondazione nel 1863 era la prima congregazione nazionale di vescovi al mondo. Le maggiori diocesi svizzere sono suddivise in regioni ecclesiastiche e in decanati o vicariati che a loro volta comprendono più parrocchie adiacenti tra loro.
Una particolarità della chiesa cattolica romana svizzera consiste nel sistema duale, diffuso in gran parte del Paese. I suoi organi si dividono in due settori con compiti differenti. Oltre agli organi di diritto canonico (diocesi, parrocchie) che si occupano in primo luogo di questioni attinenti alla gestione ecclesiastica, di compiti pastorali, dell'annuncio della parola di Dio e della celebrazione dei sacramenti, esistono gli organi di diritto pubblico (comuni parrocchiali e organizzazioni cantonali), responsabili soprattutto dell'amministrazione, delle finanze e degli immobili.

Diocesi di Basilea
La prima sede del vescovo di Basilea fu Augusta Raurica (Kaiseraugst), città in cui nella prima metà del IV secolo nacque una delle più antiche comunità cristiane presenti sul territorio dell'attuale Svizzera. In epoca carolingia, la sede vescovile fu poi trasferita a Basilea che nel Medioevo divenne il centro spirituale e intellettuale dell'alta Alsazia. Basilea acquisì importanza dal punto di vista ecclesiastico alla fine del Medioevo, con il Concilio di Basilea (1431-1449) cui la città deve la sua università. Con l'avanzare della Riforma protestante nel 1527 il vescovo trasferì la sua residenza da Basilea nel Castello di Porrentruy mentre capitolo cattedrale rimase invece a Basilea. Due anni dopo i canonici e i cappellani che non avevano aderito alla Riforma si insediarono nella cattolica Friburgo in Brisgovia. Così Basilea cessò per sempre di essere sede del vescovo e del capitolo cattedrale. Nel 1679, vescovo e capitolo scelsero di istituire una nuova residenza ad Arlesheim. Con lo scoppio della rivoluzione francese nel 1789 dovettero però lasciare Arlesheim e fuggire in esilio. A seguito del concordato siglato tra le città di Basilea, Lucerna, Soletta e Zugo con il Papa, nel 1828 fu possibile la creazione della diocesi di Basilea con sede vescovile a Soletta.

Diocesi di Losanna, Ginevra e Friburgo
Nella sede vescovile di Friburgo sono riunite le aree diventate svizzere delle diocesi tardoantiche di Losanna e Ginevra. La ex diocesi di Losanna ha origine nella città romana di Aventicum. Verso la fine del V secolo, il vescovo trasferì la sua sede a Losanna. L'area della diocesi che si estendeva da Nyon a Soletta, era dapprima sottoposta alla supervisione dei vescovi di Lione e successivamente di quelli di Besançon. Le origini della ex diocesi di Ginevra, inizialmente assoggettata all'arcidiocesi di Vienne, risalgono al IV secolo. Durante la Riforma i vescovi di Ginevra e Losanna dovettero fuggire in Savoia. Nel 1613 il vescovo di Losanna si stabilì a Friburgo. Dopo l'annessione di Ginevra alla Confederazione Elvetica nel 1815, le aree ormai svizzere della ex diocesi di Ginevra furono assegnate alla diocesi di Losanna.

Diocesi di Sion
La diocesi di Sion si formò a partire dalla diocesi tardoantica di Octodorus, che comprendeva anche parti della successiva diocesi di Losanna. La sede vescovile fu in un primo tempo Martigny. Nel VI secolo la diocesi trasferì la propria sede a Sion.

Diocesi di Lugano
Dal punto di vista ecclesiastico, il Ticino fino al 1888 apparteneva alle diocesi di Como e Milano. Dapprima il Ticino, come Amministrazione Apostolica, rimase assoggettato alla diocesi di Basilea, poiché la Costituzione federale svizzera prevedeva il divieto di creare nuove diocesi. Solo nel 1971, l'Amministrazione Apostolica fu ufficialmente staccata dalla diocesi di Basilea e acquisì il nuovo status di diocesi.

Diocesi di Coira
La diocesi di Coira nacque presumibilmente nel IV secolo nel territorio della Rezia curiense. In origine appartenente all'arcidiocesi di Milano, dopo la suddivisione del Regno dei Franchi nell'843 fu assoggettata all'arcidiocesi di Magonza fino al 1803 e successivamente direttamente al Papa. Durante il Medioevo, il vescovo di Coira deteneva il potere secolare, grazie al quale dominava come principe vescovo del Sacro Romano Impero gran parte degli attuali Grigioni, Chiavenna, Bormio e la Val Venosta, in costante faida con i suoi ministeriali da un lato e con i signorotti locali concorrenti dall'altro. Nel XIV secolo le contee di Chiavenna e Bormio andarono perse a favore di Milano, più tardi anche la Val Venosta e parti del Vorarlberg. Nel 1819 i territori dell'estinta diocesi di Costanza furono suddivisi e alla diocesi di Coira furono assegnati i cantoni Obvaldo, Nidvaldo, parti di Svitto, Glarona, Uri e Zurigo in amministrazione provvisoria. Con la bolla papale del 1823 fu fondata la nuova diocesi Coira-San Gallo, dalla quale nel 1847 si separò la diocesi di San Gallo.

Diocesi di San Gallo
Fino al 1814 i territori della Svizzera nordorientale e sudoccidentale appartenevano alla diocesi di Costanza. Dopo la soppressione di quest'ultima fu fondata la diocesi Coira-San Gallo, decisione sulla quale San Gallo non era d'accordo. Per porre fine alla contesa in corso da anni, per San Gallo fu istituito un vicariato apostolico dal quale nel 1847 nacque la diocesi di San Gallo.

Arcidiocesi di Vaduz
L'arcidiocesi di Vaduz è stata istituita nel 1997. In precedenza il suo territorio faceva parte della diocesi di Coira come decanato del Liechtenstein.

Abbazia St. Maurice
Il monastero di St. Maurice, eretto nel 515 sulla tomba di San Maurizio, è considerato il più antico monastero d'occidente in funzione ininterrottamente. L'abbazia, insieme alle parrocchie di St. Maurice, Vernayaz, Salvan e Finhaut, ha lo status di abbazia territoriale.

Abbazia di Einsiedeln
Il monastero fondato nel 934 apparteneva in origine alla diocesi di Costanza. Dopo la soppressione di quest'ultima, il monastero fu assegnato nel 1819 provvisoriamente e nel 1824 definitivamente alla diocesi di Coira. Dal 1907 l'abbazia ha assunto lo status di abbazia territoriale e non appartiene più a una diocesi.

La parrocchia di Saint-Gingolph VS pur essendo situata in un comune svizzero è l'unica ad appartenere a una diocesi estera, quella di Annecy.