Per molte specie di uccelli acquatici migratori la Svizzera è un'area di sosta e di svernamento molto importante. Ciò vale in particolare per il Lago di Costanza, il Reno, l'Aare, il Lago di Neuchâtel e il Lago Lemano. A ottobre, gran parte degli uccelli lascia le aree di nidificazione nell'Europa settentrionale e orientale per migrare in Svizzera, dove rimane fino in primavera. Altre regioni rappresentano invece importanti aree di sosta per specie limicole migratorie, oppure sono utilizzate da numerosi uccelli migratori come passaggio attraverso le Alpi. A seconda della regione e della situazione, vengono limitate o vietate attività che minacciano la fauna e i suoi habitat, quali ad esempio la caccia, la pesca, il transito di navi o l'organizzazione di eventi sportivi.